اصول و محورهای بخش پژوهشی مؤسسه در راستای تحقق آموزشِ پژوهش محور عبارت است از:
اهتمام به تقویت بعد پژوهشی آموزش ها باهمکاری معاونت آموزشی مؤسسه؛ به ویژه آنکه تحصیلات در این مجموعه، تکمیلی و به یک معنا آموزشی پژوهشی است؛
هدفمند سازی موضوعات و تدوین پایان نامه ها به عنوان بزرگترین سرمایة پژوهشی، با تهیه شناسائی و ارائة اولویتهای پژوهشی؛
هماهنگ سازی فعالیتهای پژوهشی با اهداف، مطالبات و برنامههای پژوهشی المصطفی؛
زمینهسازی تهیه و انتشار نشریات تخصصی و علمی از جمله اخذ مجوز اولیه و تکمیل مقدمات و تهیه محتوای نشریة علمی پژوهشی «المسار»؛
فراهم نمودن تأسیس انجمنهای علمی توسط دانشجویان نخبه و با انگیزه؛
برگزاری نشستهای علمی متعدد ماهانه با همکاری گروه های علمی در هریک از رشتههای فعال مؤسسه؛
تشکیل و تقویت کتابخانة تخصصی با صدها جلد کتاب مادر در رشتهها و زبانهای مختلف؛
حضور فعال در جشنوارة بین المللی سالانه شیخ طوسی در المصطفی و اخذ رتبة ممتاز؛
ارتباط مستمر پژوهشی با نمایندگان دانشجویان جهت بحث و تبادل نظر در خصوص پاسخ به نیازهای پژوهشی ایشان؛
چاپ چکیده پایان نامههای مؤسسه در 4جلد؛
چاپ 4 پایان نامه ممتاز دانشجویان در جشنواره شیخ طوسی.