معاونت فرهنگی تربیتی موسسه عالی علوم و معارف به‌عنوان یکی از ارکان اصلی این مجموعه، با تکیه بر ارزش‌های والای اسلامی و معارف دینی، در راستای تربیت نسلی متعهد، آگاه و متخلق به اخلاق اسلامی فعالیت می‌کند. این معاونت با بهره‌گیری از تعالیم قرآن کریم و سیره نورانی اهل بیت (علیهم‌السلام) بستری پویا برای رشد فرهنگی، معنوی و اجتماعی دانشجویان، اساتید و کارکنان با اجرای برنامه‌هایی متنوع، هدفمند و تأثیرگذار را در حوزه‌های فرهنگی، دینی، اجتماعی و هنری فراهم می‌نماید.
در این مجموعه سعی میشود تا با توجه به اهمیت امر تهذیب و ظرافتها و اقتضائات آن دانشجویان به موازات رشد علمی رشد معنوی هم داشته باشند.
رسالت اصلی این معاونت، تربیت نسلی فرهیخته، مؤمن، انقلابی و کارآمد است که با بهره‌گیری از معارف اسلامی و فرهنگ اهل بیت (ع)، در مسیر ساخت تمدن نوین اسلامی نقش‌آفرین باشد. این رسالت از طریق آموزش، فعالیت‌های فرهنگی، برنامه‌های معرفتی و تربیتی تحقق می‌یابد.
موسسه علوم و معارف یک مؤسسه آموزش عالی و تحقیقاتی است که در چندین رشته دانشگاهی مدارک تحصیلی اعطا می کند. این مؤسسه وابسته به جامعة المصطفی است که در سال ۱۳۸۵ تأسیس شد.